06 avril
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Dans programmer avec R, rmarkdown
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Pour proposer un article sur ce site Internet, nous passons par notre compte Github ThinkR-open/abcdR. Vous devrez faire un fork de notre dépôt github, ajouter un article au format markdown dans le dossier _post et proposer une pull request. Les articles au format markdown (.md) devront avoir Le fichier doit avoir l’extension .md (il sera renommé automatiquement au moment du push) L’en-tête YAML suivante: — post_title: Titre de votre article author: votre_nom_d_auteur layout: post published: true categories: – graphique – tidyverse — Le contenu de votre article vient ici. le code R doit etre mis en forme comme cela : (…) le code R doitRead More →

16 mai
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Dans programmer avec R, tidyverse
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Vous souhaitez rédiger des documents qui contiennent du code, des résultats de console ou des graphiques ? Alors Mardown est fait pour vous ! Langage HTML simplifié, Markdown est idéal pour communiquer, à toutes les étapes de votre analyse de données. Carnets de notes pour vous, outils de transmission à vos collègues, ou encore bilans d’analyse à destination d’un grand public, les documents Markdown sont un véritable atouts, à mettre dans la besace de tous les utilisateurs de R. Et pour cause, sa simplicité va vous bluffer ! Pour créer un nouveau document en RMarkdown, rendez-vous sur l’onglet « File / New File » de RStudio. Puis,Read More →

04 avril
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Dans algorithmique, manipulation de données, programmer avec R, Transformation de données
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Si l’on veut sélectionner un sous-ensemble d’un jeu de données à partir d’une condition simple étendue, d’une condition multiple exclusive, d’une condition multiple inclusive, d’une condition multiple exclusive étendue, ou d’une condition multiple inclusive étendue, il faut utiliser les opérateurs logiques OU et/ou ET.Dans R, le ET s’écrit « & », et le OU s’écrit « | ». Une condition simple porte sur une seule colonne.Une condition multiple porte sur plusieurs colonnes à la fois (comme pour les régressions).Une condition étendue porte sur l’union de plusieurs modalités/critères au sein d’une même colonne : elle utilise l’opérateur logique OU.Une condition exclusive est une condition multiple quiRead More →

20 février
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Dans algorithmique, fonctions utiles, programmer avec R
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la parallélisation des calculs, permet d’exploiter au maximum les capacité calculatoire de votre ordinateur en utilisant tous les core de votre machine ( dual core , quad core …)Cette facpon de proceder est rentable si le calcul que vous voulez faire prend plus de temps que le fait de mettre en place la parallélisation library(foreach)library(doSNOW) getDoParWorkers() registerDoSNOW(makeCluster(4, type = « SOCK »))# 2 , 4 ou plus en fonction de votre machine getDoParWorkers() N <- 10^4 system.time(foreach(i = 1:N,.combine = « cbind ») %do% {sum(rnorm(N))}) system.time(foreach(i = 1:N,.combine = « cbind ») %dopar% {sum(rnorm(N))})Read More →

13 décembre
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Dans base indispensable, programmer avec R
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Pour éviter de se tromper dans l’ordre où les paramètres sont passés à une fonction, il vaut mieux les nommer. Ainsi l’ordre n’importera pas. Cela permet en plus de passer une valeur par défaut. essai<-function(par1=3, par2=20) {print(par1)print(par2)}essai()#[1] 3#[1] 20essai(1,2)#[1] 1#[1] 2essai(par1=1)#[1] 1#[1] 20essai(par2=10)#[1] 3#[1] 10essai(par2=10, par1=4)#[1] 4#[1] 10Read More →

12 décembre
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Dans fonctions utiles, programmer avec R
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Si vous voulez vous assurer qu’une instruction qui n’aboutit pas ne bloque pas votre script ou encore si vous avez besoin de gérer les exceptions, vous pouvez utiliser la fonction try. rm(list=ls(all=TRUE)) # pour partir d’une mémoire viergeprint(a)# va vous renvoyer un message d’erreur… et aura bloqué votre script si vous l’aviez lancé via source() par exempletry(print(a))# vous affiche l’erreur mais ne gêne pas la suite du processustry(print(a),silent=T)# ne vous affiche même pas l’erreur Ici l’exemple donné n’a que peu d’utilité, mais ce principe de gestion des erreurs (en particulier avec tryCatch) peut vous rendre beaucoup de services dans une boucle ou autre.Read More →

08 décembre
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Dans base indispensable, programmer avec R
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La fonction paste permet de « coller » des chaînes de caractères, cela peut être utile pour plein de chose : définir le nom d’un fichier de sortie, écrire une formule pour un modele… a<-« coucou »b<-« comment vas-tu? »paste(a,b)# coucou comment vas-tu? paste(a,b,sep= »+ ») #  coucou+comment vas-tu? # le paramètre sep permet de définir le caractère utilisé pour concaténer les chaînes de caractèresRead More →

08 décembre
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Dans programmer avec R
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De temps en temps, les données que l’on utilise peuvent être de grandes tailles et R ne peut pas les prendre en charge car sa mémoire est trop remplie. Dans ce cas 2 solutions s’offrent à vous : soit vous supprimez des éléments (dont vous pouvez avoir la liste avec ls() ) en utilisant rm(nom_ élément_à_supprimer), soit vous augmentez la capacité de la mémoire allouée à R en utilisant la fonction suivante : memory.limit(size=4000) # si par mégarde vous mettez une valeur trop grande, R vous retournera un message d’erreur plein d’humourRead More →

08 décembre
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Dans base indispensable, programmer avec R
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Lorsque vous avez beaucoup de fonctions dans un fichier, vous pouvez les charger en faisant un copier-coller dans la console ou en faisant ctrl+R après avoir sélectionné vos fonctions (pour windows). Mais ce n’est pas très pratique et surtout c’est souvent assez long. Je vous propose d’utiliser la fonction source. Cette fonction va interpréter ce qui se trouve dans un fichier.Concrètement, vous mettez vos fonctions et autres scripts a interpréter dans un fichier « function.R » ‘ (qui n’est rien d’autre qu’un fichier texte), vous l’enregistrez sur votre disque dur (dans votre espace de travail c’est le plus simple… l’important est de savoir ou il est). PuisRead More →