Pour ajouter des cercles à un graphiques (ou simplement tracer des cercles) vous pouvez utiliser la fonction symbols qui permet d’ailleurs de tracer également des carrés, rectangles, étoiles etc…
Un petit exemple pour les cercles:
# coordonnées du centre des cercles
ax<-c(20,20,20,80,80,80)
by<-c(80,20,20,80,20,20)
#taille
s<-c(1,1,2,1,1,2)
#couleur
couleur<-c("black","black","grey","blue","green","grey")
#on trace les cercles sur un graphique
symbols(ax,by,circles=s,inches=1,fg=couleur,xlim=c(0,100),ylim=c(0,100),lwd=2.5)
#pour le fun on ajoute un carré en rouge
symbols(50,50,squares=10,inches=1,fg="red",add=TRUE,lwd=2.5)